健康保険事業として保険料を徴収したり、保険給付などを行う運営主体を「保険者」といいます。

健康保険の保険者には、全国健康保険協会と健康保険組合があります。全国健康保険協会が運営する健康保険は、全国健康保険協会管掌健康保険組合（協会けんぽ）といい、主に中小企業で働く人たちが加入しています。一方、全国健康保険協会にかわって保険者となり、独自に健康保険の事業を行うのが健康保険組合（組合管掌健康保険）です。会社とは違い、独立した公法人になります。

健康保険組合には、単独で設立する単一組合や、同種同業の企業が合同で設立する総合組合などがあります。
法律の範囲で自主的に保険料を決定し、各組合の実態に即して組合独自の付加給付や保健事業などの事業運営を行っているのが特色です。

健康保険組合の事業は、大きく分類すると、次の2つがあります。

被保険者やその家族が病気やけがをしたとき、出産したとき、死亡したときに、医療費を負担したり、手当金などを支給したりしています。保険給付には、現物給付と現金給付の2種類があります。

被保険者やその家族の疾病予防や健康増進のため、健康診断、機関誌の発行、ホームページの開設などを健康保険組合独自の事業として行っています。

健康保険組合の組織は、事業主側と被保険者側の中から選ばれた代表によって運営されています。
健康保険組合の組織は、議決機関として組合会があり、組合会が議決した事項を執行する機関として理事会があります。事業主側の代表（選定議員、選定理事）と被保険者側の代表（互選議員、互選理事）によって、民主的な運営がなされています。